提升长三角科技创新共同体的创新效能是长三角区域高质量发展的应有之义，在今年召开的两院院士大会上，习近平总书记也明确指出我国创新体系整体效能不高，需要继续下大力气加以解决。
首先，长三角科技创新共同体知识创新能力与技术创新能力发展不平衡。在2020年世界知识产权组织发布的《全球创新指数报告》中，长三角区域的上海、南京、杭州、苏州、合肥等5个城市跻身世界科技创新集群100强。分析这5个城市的创新指标发现：长三角科技创新共同体科学出版物指标值占总值的3.46%，远超全球排名第1的东京—横滨创新集群和排名第2的深圳—香港—广州创新集群；但是这5个创新集群PCT专利申请量占全球总量的2.19%，却远低于东京—横滨创新集群的10.81%和深圳—香港—广州创新集群的6.9%，显示出长三角科技创新共同体中知识创新和技术创新作为创新体系的两翼，发展的规模和水平严重不平衡，长三角科技创新共同体的整体效能没能有效激发。
其次，长三角科技创新共同体知识创新优势与技术创新能力间的关联度有待提升。在长三角科技创新共同体5个世界100强科技创新集群中，排名第一的科学出版物领域均来自化学，而这5个科技创新集群中PCT专利活动最多的领域分布在数字通信、电机仪器能源、计算机技术、其他消费品等4个方面，与长三角科技创新共同体中排名第一的科学出版物化学领域没有直接的关联。可见，长三角科技创新共同体的知识创新成果和技术创新成果之间没有形成有效的连接，也没有形成相互的支撑，知识创新的优势并没有转化为技术创新的能力。
因此，在新发展阶段，如何提升长三角科技创新共同体的创新效能，为实现长三角区域高质量发展和高水平科技自立自强提供坚强支撑，要做到四个“面向”。
面向生物医药等前沿领域，培育知识创新优势。世界100强创新集群在基础研究领域的优势正在向生物医药等新兴领域集中。随着新冠疫情的暴发，生物医药领域科学研究和创新能力的重要性日益凸显，因此长三角科技创新共同体应特别重视通过生物医学和人工智能等前沿科学领域的交叉研究，不断拓展基础研究的新领域，形成在基础研究领域的新优势。
面向国家发展战略，强化大学的引领作用。在长三角区域的新兴产业发展中，除了安徽省围绕中国科技大学的量子科学和核科学进行专项规划外，其他省市通过知识创新优势形成产业发展优势的实例尚不显著，说明大学在应对社会发展需求方面的步伐相对缓慢，大学未来如何面向国家发展战略需求？一方面，大学自身应积极发展新能力，支持新兴学科、交叉学科的研究和发展，及时将学科优势转化为经济社会发展的坚强支撑；另一方面，通过经费资助模式的变革将对大学的资助与满足社会需求的能力挂钩不失为一种尝试。
面向区域发展，创立新兴产业发展联盟。在长三角一体化规划实施方案中提出的未来新兴产业发展方向，均涉及集成电路、人工智能、生物医药、新能源、智能汽车等，产业雷同度颇高。如果按原有分散的路径去推进，各城市创新的发展必然存在着竞争，所以，如何让长三角城市从竞争走向合作共赢，形成创新发展的利益共同体，就必须在产业链和创新链的协同上进行重构，促使各城市间的竞争变为合作。例如，在生物医药领域，上海在研发领域有领先优势，而江苏则具备了初步产业发展的基础，安徽等地则刚起步。因此，参考中国第三代移动通讯技术和高铁技术发展的经验，选定若干领域的关键技术、前沿技术，创立新兴产业发展联盟联合攻关，风险共担、利益共享，从创新联盟走向利益联盟，推动创新目标的顺利实现。
面向关键技术，培育高新技术龙头企业。长三角科技创新共同体的专利数量与世界一流创新集群的差距反映的是企业科技创新能力的差距。近年来，长三角区域的上海、南京、苏州等地高新技术企业数量有了大幅增长，最高增幅超过200%，但是，长三角需要更多华为这样的龙头企业，既有核心创新能力，又能引领产业发展。因此，一方面，企业自身在创新投入、新兴产业核心技术攻关等方面要大力投入、久久为功，促进企业尽快脱颖而出；另一方面，政府和社会通过创新资源流动和共享、基础研究、新产品市场培育等方面的协同促进区域创新成本下降、创新效率提升，从而使得区域城市共同受惠，提升长三角科技创新共同体创新效能。
